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Arrêt maladie d'un agent public pendant ses congés : quelles sont les règles ?

Vérifié le 3 juillet 2025 - Direction de l'information légale et administrative (Premier ministre)

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Un agent public qui tombe malade pendant une période de congé annuel est placé en congé de maladie. En cas d’arrêt de travail prolongé, les congés annuels non pris en raison du congé pour raison de santé peuvent être reportés. Nous vous présentons les conditions de ce report.

Publication/Texte
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Publication/Texte/otherwise
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Si vous êtes malade pendant vos congés annuels, vous êtes placé en congé de maladie sur présentation d’un arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.

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Le congé de maladie annule le congé annuel.

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Les jours de congé annuel annulés peuvent être pris à une date ultérieure.

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Les congés annuels doivent être pris entre le 1er janvier et le 31 décembre. Toutefois, si vous ne pouvez pas prendre tout ou partie de vos congé annuels au cours de l’année civile en raison de congés pour raison de santé prolongés, vous avez droit au report automatique de vos congés annuels restant dus sur une période de 15 mois.

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Les absences pour raison de santé ouvrant droit au report sont les suivantes :

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Liste @type = 'puce'
context[5][Texte]/child[7] = Paragraphe

Les congés annuels qui peuvent être reportés sont les congés acquis avant la mise en congé pour raison de santé et les congés acquis pendant le congé pour raison de santé.

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Vous n’acquérez pas de congé annuel pendant une disponibilité d’office pour raison de santé ou un congé de maladie non rémunéré.

context[5][Texte]/child[9] = Paragraphe

La durée des congés annuels qui peuvent être reportés est de 4 semaines maximum.

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Pour les congés annuels acquis avant la mise en congé pour raison de santé, la période de 15 mois débute à partir de la date de reprise des fonctions.

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Pour les congés annuels acquis pendant le congé pour raison de santé, la période de 15 mois débute, au plus tard, à la fin de l'année pour laquelle le congé annuel est dû.

context[5][Texte]/child[12] = Paragraphe

La période de 15 mois peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de votre chef de service.

context[5][Texte]/child[13] = Paragraphe

La période de report de 15 mois est suspendue tant que vous n’avez pas reçu de votre administration employeur une information sur le nombre de jours de congés annuels reportés et la date jusqu’à laquelle vous pouvez les prendre.

context[5][Texte]/child[14] = Paragraphe

L’administration vous fournit cette information dans le mois qui suit votre reprise de fonctions.

context[5][Texte]/child[15] = Paragraphe

Si vous ne prenez pas les congés reportés dans la période impartie, ils sont perdus et ne donnent lieu à aucune indemnité compensatrice, sauf en cas de départ définitif de la fonction publique.

context[5][Texte]/child[16] = Paragraphe

Si vous êtes absent sur plusieurs années consécutives, les congés non pris à la fin de chaque période de report de 15 mois sont perdus.

context[5][Texte]/child[17] = Paragraphe

Lorsque vous quittez la fonction publique, quel qu’en soit le motif (retraite, démission, fin de contrat,...) et n'avez pas pu prendre tous vos congés annuels avant votre départ en raison des nécessités de service, ces congés donnent lieu à une indemnité compensatrice.

context[5][Texte]/child[18] = Paragraphe

La durée des congés annuels non pris qui donnent lieu à indemnité est de 4 semaines maximum.

context[5][Texte]/child[19] = Paragraphe

La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l'indemnité compensatrice de congé annuel est égal à la dernière rémunération versée lors de votre dernier mois complet d'exercice effectif de vos fonctions.

context[5][Texte]/child[20] = Paragraphe

Cette rémunération tient compte éventuellement des évolutions de votre situation statutaire ou indemnitaire qui sont intervenues entre la dernière date d'exercice effectif de vos fonctions et la date de fin de relation de travail.

context[5][Texte]/child[21] = Paragraphe

Elle comprend le traitement indiciaire, l'indemnité de résidence, le supplément familial de traitement (SFT) et les primes et indemnités.

context[5][Texte]/child[22] = Paragraphe

Toutefois, les éléments de rémunération suivants ne sont pas pris en compte :

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Liste @type = 'puce'
  • Versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l'appréciation individuelle ou collective de la manière de servir

  • Remboursement de frais

  • Participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire

  • Versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations, et toutes autres indemnités de même nature

  • Indemnités versées en contrepartie d'une activité accessoire et autres indemnités non directement liées à l'emploi

  • Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique

  • Heures supplémentaires (toutefois si vous êtes agent de l’Etat ou territorial, les indemnités pour heures supplémentaires annualisées sont incluses dans le montant de votre rémunération brute)

  • Majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, lorsque leur versement est interrompu avant la fin de la relation de travail si vous êtes agent de l’Etat ou hospitalier

  • Indemnité de résidence à l'étranger lorsque son versement est interrompu avant la fin de la relation de travail si vous êtes agent de l’Etat

context[5][Texte]/child[24] = Paragraphe

L’indemnisation d’un jour de congé annuel non pris est calculée de la manière suivante : (Rémunération mensuelle brute x 12) / 250

context[5][Texte]/child[25] = Paragraphe

Le nombre 250 est le nombre moyen de jours ouvrés dans une année.

context[5][Texte]/child[26] = Paragraphe

L'indemnité compensatrice de congés annuels est soumise aux mêmes cotisations que votre rémunération.